派遣社員という正規雇用の社員とは違う形態で、SEとして働くことには色々なメリットが有ります。
まず派遣会社経由だと残業代がしっかりと出るので、かなりの高収入が普通の派遣社員と比較しても得られやすいことが挙げられます。SEは専門職であるので、一般事務などよりも時給は数割高めになっている現場が大半です。それでいて残業も発生することが多々ある現場が多いので、割増の残業手当まで支給されれば、普通の正社員に負けないほどの収入が得られます。

また正社員の場合は有耶無耶のうちにサービス残業が発生することも多いですが、非正規でも会社が仲介している際は、その仲介している会社が労働時間をしっかり管理します。そして働いた分の人件費を働いている現場の会社から取り立ててくれるので、サービス残業というのは非常に少ないです。
このように収入面でまずメリットがあります。

また非正規の場合は多様な現場に赴いて働く事が多いので、一つの会社で働き続けて、同じような案件に係るよりも多様な開発に携われることも多くなります。一か所だけで働くよりも多様な知識や経験を積むことができますし、いろいろな役割を担うこともあります。毎回新しいことをインプットするのは大変な一面もありますが、将来的に大手の会社に転職をしたいと考えるときにも役立ちますし、キャリア上でも大きなメリットにすることができます。SEは非常に多様性がある仕事なので、多くの現場に行けることはスキルを高めるのにも役立ちます。

ただ、派遣としてこのままエンジニア人生を送っていくのか、という将来性を考えた場合に、やはりたどり着くのは正社員やフリーランスへの道。派遣でさまざまな経験を積み、スキルを磨いた後はその培ったノウハウを武器に、派遣SEから独立への将来設計を組み、行動に移すのもいいでしょう。